Девяностые годы ознаменовали начало нового этапа в развитии России и ее столицы — Москвы. Политические события, изменения в социальной сфере в последнее десятилетие XX в. определили новые подходы к решению вопросов развития градостроительства в столице. В 1990 г. в Москве состоялся 1-й съезд народных депутатов РСФСР, провозгласивший государственный суверенитет республики. Съезд избрал Председателем Верховного Совета РСФСР Б.Н.Ельцина. В 1991 г. Советский Союз распался. В декабре того же года был образован Союз Независимых Государств (СНГ). Москва стала столицей только суверенного демократического государства - Российской Федерации, новая конституция которого была принята всенародным голосованием 12 декабря 1993 г.
В 1991 г. в России был введен институт президентства. Впервые в истории Советской России народ избирал главу государства. Первым Президентом России стал Б.Н.Ельцин. 10 июля 1991 г. состоялось торжественное заседание Съезда народных депутатов РСФСР, посвященное вступлению Б.Н.Ельцина в должность Президента России.
19—21 августа 1991 г. в Москве произошел путч. Эти три дня буквально потрясли великую страну. Была принята попытка осуществить переворота. Москвичи активно выступили против действий «гэкачепистов» — некоторых представителей высшего руководства СССР, образовавших Государственный комитет по чрезвычайному положению в СССР (ГКЧП). 24 августа М.С.Горбачев сложил с себя полномочия Генерального секретаря ЦК КПСС и заявил, что ЦК КПСС должен самораспуститься. М.С. Горбачев подписал Акт об отставке с поста Президента СССР. Над Кремлем был спущен красный флаг - символ Страны Советов. Съезд народных депутатов РСФСР 31 октября 1991 г. утвердил новый государственный флаг России: бело-сине-красный (до весны 1883 г. ее государственным флагом был черно-желто-белый стяг, затем — бело-сине-красный до событий 1917 г.).
В сентябре 1993 г. разразился кризис политической власти в России. Произошли вооруженные столкновения в различных частях Москвы, в том числе у Белого дома — Дома Правительства РФ. В сентябре—октябре 1993 г. именно столица России стала ареной и эпицентром острого политического кризиса, вызванного противостоянием законодательной и исполнительной ветвей власти. Это противостояние переросло в вооруженное столкновение сторонников Верховного Совета РФ с частями милиции, ОМОНом, правительственными войсками. В результате этих событий в 1993 г. были проведена полная перепланировка верхушки государственных органов - распущены Съезд народных депутатов и Верховный Совет Российской Федерации, а также Моссовет.
Девяностые годы начали и совершено новую — муниципальную — историю нашего города. В 1991 г. в Москве был учрежден пост мэра как высшего должностного лица в системе городской власти. Первым мэром Москвы в результате прямого тайного голосования был избран видный ученый-экономист Г.Х.Попов. В 1992 г. была создана новая структура органов исполнительной власти Москвы, центром которой стало Правительство Москвы во главе с мэром города. 23 ноября 1993 г. Москве был возвращен ее исторический герб; изображение Георгия Победоносца было помещено и на флаге города. 1995-й год стал важным периодом в создании принципиально нового законодательства Москвы. Были приняты главные законодательные акты Москвы — Устав Москвы, Закон Москвы «О флаге и гербе Москвы» и «О территориальном делении города». Вместо административных районов в Москве были образованы 10 административных округов, объединивших 125 районов.
Реформирование городского управления началось временно с экономическими реформами. Москва стала лидером — локомотивом экономических реформ, реалы начавшихся в России с 1992 г. Используя конституционна права и возможности, реформы в Москве проводили внесколько иной редакции, чем в других регионах страны. Особенное исторической судьбы Москвы: ее вековая столичная значимость, высокий инновационный потенциал — определили « большее позитивное звучание и резонанс проводимых в ней реформ, чем в целом по стране.